STKIP Citra Bakti telah bekerja sama dengan beberapa institusi untuk membangun nota kesepahaman dalam bentuk MoU maupuan PKS antar lembaga dengan asas saling menguntungkan untuk bersama-sama belajar, berkolaborasi untuk meningkatkan mutu.
Bentuk kerjasama yang disepakati adalah seputar kerjasama di pendidikan, penelitian dan pengabdian. Adapun nama insitusi yang telah bekerjasama dengan STKIP Citra Bakti adalah sebagai berikut.
- Universitas Terbuka
- Universitas Negeri Malang
- Universitas Negeri Semarang
- Universitas Negeri Surabaya
- Universitas Negeri Yogyakarta
- Universitas Pendidikan Ganesha
- Universitas Udayana
- Universitas Khatolik Indonesia Ruteng
- Pemda Ngada
- Pemda Nagekeo
- Pemda Ende
- Telkom Kupang
- PT Sevima
- SMAN 1 Bajawa
- SMAN 1 Golewa
- SMAN 1 Ruteng
- SMPN 4 Golewa